DTU Aquas forskning, myndighedsbetjening og undervisning varetages af otte faglige sektioner:
Sektion for Oceanografi og Klima
Sektionsleder Torkel Gissel Nielsen, tlf. 35 88 34 94,
Sektion for Havøkologi
Sektionsleder Stefan Neuenfeldt, tlf. 35 88 34 02,
Sektion for Ferskvandsfiskeri og -økologi
Sektionsleder Anders Koed, tlf. 35 88 31 46,
Sektion for Akvakultur
Sektionsleder Per Bovbjerg Pedersen, tlf. 35 88 32 56,
Sektion for Monitering og Data
Sektionsleder i Charlottenlund Marie Storr-Paulsen, tlf. 35 88 34 41,
Sektionsleder i Hirtshals Kai Wieland, tlf. 35 88 32 76,
Sektion for Marine Levende Ressourcer
Sektionsleder Henrik Mosegaard, tlf. 35 88 34 61,
Sektion for Økosystembaseret Marin Forvaltning
Sektionsleder Anna Rindorf, tlf. 35 88 33 78,
Dansk Skaldyrcenter
Dansk Skaldyrcenter forventes integreret med DTU Aqua i løbet af 2013. Den nuværende direktør for Dansk Skaldyrcenter Jens Kjerulf Petersen, fortsætter som leder efter integrationen.