DTU Aqua råder over tre mindre forskningsskibe udover havundersøgelsesskibet Dana.
Havfisken
Havfisken er en 13 m lang traditionel fiskekutter (på 20 ton), bygget i træ og indrettet til trawlfiskeri og vand- og bundprøvetagning. Havfisken hører hjemme i Hirtshals.
Læs mere om Havfisken.
Havmusen
Havmusen er en hurtiggående aluminiumsbåd, indrettet som dykkerbåd og til bundprøvetagning. Tonnagen er på 1,4 ton og længden er 6,3 m. Havmusen hører hjemme i København.
Læs mere om Havmusen.
Havtasken
Havtasken er en 5 m lang glasfiberjolle. Jollen er indrettet til bund- og planktonprøvetagning. Havtasken hører hjemme i Hirtshals.
Læs mere om Havtasken.