DTU Aqua koordinerer kandidatuddannelsen i Akvatisk Videnskab og Teknologi i samarbejde med Københavns Universitet.
Desuden udbyder instituttet kurser og projekter til bachelor- og kandidatstuderende på DTU og andre universiteter.
Derudover har DTU Aqua en ph.d.-skole, som løbende har omkring 35 studerende.