DTU Aqua har et bredt samarbejde både nationalt og internationalt. Langt de fleste af instituttets projekter, videnskabelige publikationer m.v. involverer eksterne samarbejdspartnere
Forskningsamarbejde på DTU
DTU Aqua samarbejder med mange af de andre institutter på DTU, enten indenfor life science og bioengineering eller indenfor maritim videnskab.
Herudover er DTU Aqua involveret i tværgående initiativer såsom Center for Maritime Aktiviteter (Maritime DTU), Center for Water Activities (Water DTU) og centret Arctic DTU.
Nationalt forskningssamarbejde
Nationalt samarbejder DTU Aqua med andre danske universiteter, herunder Københavns Universitet, Aarhus Universitet, Syddansk Universitet, Roskilde Universitet og Aalborg Universitet.
Samarbejdet har ført til en række store, fælles forskningsprojekter og centre, såsom VKR Centre for Ocean Life og Marine Ecological Modelling Centre (MEMC).
Endvidere har samarbejdet resulteret i Dansk Center for Havforskning (DCH), som koordinerer nationale havforskningsaktiviteter og finansierer forskningsundersøgelser og infrastruktur.
DTU Aqua samarbejder ligeledes med Dansk Meteorologisk Institut (DMI) og De Nationale Geologiske Undersøgelser for Danmark og Grønland (GEUS).
Desuden samarbejder danske universiteter, inkl. DTU Aqua, og danske forskningsinstitutter i Centre for Climate Research and Ocean Currents omkring Færøerne, Grønlands Klimaforskningscenter og Greenland Integrated Observing System (GIOS).
Indenfor de fleste forskningsområder oplever DTU Aqua en stigning i samarbejdet med industrien, særligt i relation til akvakultur og dyrkning af skaldyr og tang, observationsteknologi samt fiskeriteknologi.
Europæisk forskningssamarbejde
DTU Aqua et omfattende netværk med centrale partnere (universiteter, forskningsinstitutter osv.) i forskellige lande. Instituttet er i høj grad involveret som international koordinator eller partner i forskningsprojekter under EU’s Rammeprogram f.eks. indenfor forskellige temaer i Societal Challenges (bioøkonomi og klima), inklusive de tværsektorielle opslag “Blue Growth” (H2020).
DTU Aqua er også aktiv i andre dele af EU's rammeprogram, f.eks. under Excellent Science, især Marie Skłodowska-Curie-aktioner og programmer indenfor forskningsinfrastruktur. Desuden er instituttet involveret i en række projekter under de tematiske EraNets og det regionale BONUS-program. Dertil kommer deltagelse i Interreg- og LIFE-projekter samt udbud fra EU’s Generaldirektorat for Maritime Anliggender og Fiskeri (GD MARE) og Generaldirektoratet for Miljø (GD ENV).
Instituttet bidrager til udvikling af forskningsstrategier og koordination indenfor European Fisheries and Aquaculture Research Organisation (EFARO), European Marine Board, EuroMarine-programmet og EU's Standing Committee on Agriculture Research (SCAR Fish).
Herudover bidrager instituttet til processen med at tilrettelægge et mere effektivt program for indsamling af fiskeridata (DCF) ved EU’s regionale koordinationsmøder, i ekspertgrupper i ICES og i EU’s videnskabelige, tekniske og økonomiske komité for fiskeri (STECF).
Globalt forskningssamarbejde
DTU Aqua har et stærkt internationalt forskningssamarbejde med især Canada, f.eks. Department of Fisheries and Oceans (DFO), USA, f.eks. National Oceanic and Atmospheric Administration (NOAA) og Australien, f.eks. Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation (CSIRO). Desuden samarbejder instituttet med forskellige universiteter i disse tre lande og i andre lande, bl.a. Brasilien og Sydafrika.
Derudover er DTU Aqua involveret i danske bistandsaktiviteter, hvilket omhandler forskningssamarbejde og kapacitetsudvikling indenfor akvakultur i Ghana og Tanzania samt indenfor fiskeri i Namibia og Angola.
Forskningssamarbejde med internationale kommissioner
DTU Aqua er aktiv i en række internationale organisationer, særligt i det Internationale Havundersøgelsesråd (ICES). Instituttet deltager i ca. 100 ekspertgrupper, er formand i en række betydningsfulde ekspertgrupper, bidrager afgørende til ICES' Advisory Committee (ACOM) og Science Committee (SCICOM) og er involveret i ledelsen af organisationen.
DTU Aqua bidrager også til EU’s videnskabelige, tekniske og økonomiske komité for fiskeri (STECF), til Northwest Atlantic Fisheries Organization (NAFO) og til Northeast Atlantic Fisheries Commission (NEAFC). De to sidstnævnte bidrag sker i henhold til en kontrakt med Grønlands Naturinstitut.
Endvidere bidrager DTU Aqua til aktiviteter i FAO, herunder European Inland Fisheries and Aquaculture Advisory Commission (EIFAAC), North Atlantic Salmon Conservation Organization (NASCO), Benguela Current Commission (på vegne af EU), samt den internationale tunkommission (Inter-American Tropical Tuna Commission (IATTC) og International Commission for the Conservation of Atlantic Tunas (ICCAT)).
DTU Aqua er også involveret i miljøkommissioner såsom Baltic Marine Environment Protection Commission (HELCOM) og Convention for the Protection of the Marine Environment of the North-East Atlantic (OSPAR).
I de senere år er forskningssamarbejdet under Nordisk Ministerråd intensiveret, særligt omkring udfordringer indenfor akvakultur, påvirkning fra invasive arter og klimaskabte udfordringer i nordatlantiske økosystemer.
Senest har DTU Aqua også leveret videnskabeligt input til International Maritime Organization (IMO), bl.a. i form af en risikoanalyse af invasive arter i ballastvand.