DTU Aquas forskning i sundhed og sygdomme hos fisk og skaldyr har fokus på at understøtte forebyggelse og kontrol af sygdomme hos fisk, to-skallede bløddyr og krebsdyr
Forskningsområdet "Fiske- og skaldyrssygdomme" blev i 2018 overflyttet fra DTU Veterinærinstituttet til DTU Aqua.
Gruppen forsker i forebyggelse og kontrol af sygdomme hos fisk, to-skallede bløddyr og krebsdyr i akvakultur. Området inkluderer det nationale beredskab for sygdomme hos akvatiske dyr med fokus på de sygdomme, som er omfattet af den eksisterende lovgivning, samt nytilkomne sygdomme. Udover at gruppen arbejder med diagnostik og overvågning har den et betydeligt udviklingsarbejde inden for påvisningsmetodikker og karakterisering af patogener.
DTU Aqua varetager desuden funktionen som EU´s referencelaboratorium for sygdomme hos fisk og krebsdyr og er udpeget som OIE-referencelaboratorium for fiskesygdommen Egtvedsyge (viral haemorrhagisk septikæmi eller VHS). OIE er verdensorganisationen for dyresundhed.